在农村调查沼气使用情况时，发现有些沼气池水压箱的沼液有明显的生粪臭味，用出料器抽出的沼肥也能发现没有充分发酵的生料。当地农民都不愿意用沼液进行果树叶面喷施。不管是从理论上推算还是大量的试验证明，农村推广的沼气池只要按照国家标准建设，其发酵时间应当是比较充足的，也是可以达到人、畜粪便无害化的卫生标准的。那么为什么会出现上述问题呢？
　　深入研究后发现，问题的根源在于错误地进行了搅拌。搅拌虽是微生物发酵工艺中的一种手段，但使用不当反而会影响发酵。沼气发酵虽然可以使用搅拌，但必须在一定的前提条件下进行。?
　　沼气池的进料方式有批量进料、连续进料和介于这两者之间的间歇进料也就是半连续进料三种方式。对于批量进料的常规发酵工艺，搅拌可以提高发酵速率和产气率。而连续进料，特别是采用接触法和生物量保留法发酵工艺，却不能进行搅拌，因为搅拌会使菌种和尚未发酵的原料在连续出料的过程中排出。不仅不能提高发酵速率和产气率，反而影响发酵，甚至导致发酵失败。
目前，我国农村推广的“三结合”沼气池，其发酵工艺多属于半连续进料的常规发酵工艺。虽然不是每时每刻有新鲜料进池，但每天都需有原料进池。沼肥是农业生产的一个重要肥源，户用沼气池又是农民的一个储肥库，农民必须经常从沼气池中取肥。若盲目地采用搅拌，用肥出料时，就会把一些活力很强的菌种和一部分未经充分发酵的原料也取走。这样不仅大大降低了原料的产气量，还严重影响了沼气的卫生效果，不能达到人、畜粪便无害化的目的。
现在，一些沼气池采用的“强回流”搅拌技术，发酵罐里没有布水装置，进料和出料只有一个管口。这种池子在抽出料液时会在池内产生负压，而进料时池内产生的却是正压，这一正一负的压力就会加速新鲜原料进出的短路。特别是有些池子搞了“自动循环搅拌”，常常会造成进料口的生粪在水压箱与进料口之间来回运行。有的虽然在连接处设置了止回阀，但由于沼液不是清水，里面混杂有固体物质，再好的止回阀也会失灵。这样，新鲜原料进入水压箱就在所难免了。这种自动循环搅拌的沼气池，即使池内设置了布水装置，就是布水能达到最佳效果，若按沼气池的池容产气率0.3立方米来计算，每天就有30％的发酵液从进料口向出料口推进，这样三天后新鲜原料就会进入水压箱和出料口。这样短的时间显然无法达到沼气充分发酵的目标。因此，无论是人力搅拌的“强回流”，还是利用水压式沼气池产气时形成的压力“自动循环搅拌”，都会出现文章开头所描述的现象。
与此相反，1990年在进行“三结合沼气池”杀灭血吸虫卵的试验中，所设计的“血防”沼气池却可以实现出料中没有生料。试验中，进料用患有血吸虫病的牛的粪便（每次都检出有活的血吸虫卵）。然后，模拟农民用肥的习惯，定期抽出渣肥化验，经过一年多的试验，共进行了267次重复的化验，没有发现一个活的血吸虫卵。上述结果证明：出料完全没有生料。“血防”沼气池虽然没用搅拌，但却可以保证出料不含生料的原因有二：一是将椭球B型沼气池斜置15度以延长了进出料的路程；二是在出料管的下口前设置了一个船蓬状的挡渣板以缓冲出料时的抽力。
　　综上所述，搅拌技术的采用是有前提的。不能在没有进行严谨的科学试验特别是卫生效果的试验情况下，就盲目地大规模推广。